一般最好是写总公司的抬头，分公司不具备法人资格，所以合同也最好和总公司签订。要是付款走的分公司，最好是合同约定付款方式或签订委托付款协议。非独立核算的公司一般是会总公司核算报销，所得税也是汇总汇算分配缴纳。